a Academia fue fundado en 1995 donde se inscribió en la Tercera División de Guatemala bajo el nombre de AFF Guatemala (nombre de la academia) donde lucharon por mucho tiempo para lograr el ascenso, años plagados de mala suerte donde no llegaban lejos en liguilla y no clasificaban a llaves de ascenso.
En 2008 se cambió el nombre a AFF Villa Nueva e hicieron remodelación de plantilla, con nuevos esfuerzos lograron el ascenso pero tardaron solamente una temporada en regresar a la Tercera División hasta finalmente desaparecer la ficha del club.
En junio de 2016 se inscribieron a la Tercera División como AFF Guatel pero debido a algunos inconvenientes no podían jugar más en su estadio, a principios del 2017 decidieron hacer cambios, desde entonces el equipo se llama AFF Palín y su estadio es el Óscar Palin Estrada1 el cual compartirán con los otros dos representativos del pueblo, AFF Palin B Juventud Palineca FC.
En el torneo clausura 2017 hicieron una temporada excelente, prácticamente la mejor de las 4 principales ligas de Guatemala, terminaron invictos la fase de liga y clasificaron a liguilla donde en octavos de final visitaron a Totonicapan FC donde terminarían perdiendo 1-0, en el partido de vuelta el equipo hizo todo lo posible para revertir el resultado y así poder clasificar a Cuartos, ganaron el partido 3-2 pero por los 2 goles de visita Totonicapan FC avanzó a Cuartos.
Más tarde la federación de liga publicó que Totonicapan alineó un jugador que no debía jugar lo que bastó para que AFF Palin avanzara a Cuartos.2
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